Selon l'article 18 du décret du 29 Septembre 1981 portant création de la réserve, la gestion administrative et l'aménagement de la réserve sont assurés par le préfet des Landes, assisté d'un comité consultatif composé des représentants des trois communes, de propriétaires, d'usagers, des services de l'Etat, du conseil général des Landes, des associations de protection de la nature et de personnalités scientifiques.
La gestion de la réserve a été confiée par délégation du préfet des Landes au "Syndicat Intercommunal d'Aménagement et de Gestion de la réserve naturelle du courant d'Huchet" (SIAG), constitué entre les communes de Léon, Moliets-et-Maa et Vielle-St-Girons (arrêté préfectoral du 13 Octobre 1982). Le siège social se trouve à la mairie de Moliets-et-Maa alors que le siège administratif se situe à la maison de la réserve à Léon.
Le Syndicat est administré par un COMITÉ composé de neuf délégués élus par les Conseils Municipaux à raison de trois délégués par commune. Il est institué pour une durée illimitée. L’actuelle présidente est Madame Karine Dasquet, maire de la commune de Vielle-Saint-Girons.
Le Syndicat Intercommunal d'Aménagement et de Gestion de la Réserve Naturelle du Courant d'Huchet est chargé d’une manière générale de la gestion de la réserve et notamment :
- d’assurer la surveillance et l'application de la réglementation. Deux agents de la réserve sont commissionnés par le Ministre de l'Environnement et assermentés par le Procureur de la République pour exercer une mission de police de la nature;
- de réaliser le suivi scientifique et l'évaluation du patrimoine naturel;
- d’assurer la conception et la mise en œuvre du plan de gestion en réalisant les actions de gestion écologique nécessaires au maintien ou à la restauration de ce patrimoine;
- d'informer et d’accueillir divers publics (scolaires, étudiants, grand public).