L’étang de Léon présente des caractéristiques originales par rapport aux autres plans d'eau du littoral aquitain :
- il ne communique avec aucun autre plan d'eau,
- il a conservé un débouché direct sur l'océan : le courant d'Huchet.
Sa superficie actuelle est de 3,4 km2. Depuis le début du 19ème siècle, l'étang a perdu plus de la moitié de sa surface (7 km² au 19ème siècle). Cette diminution est liée aux phénomènes d’envasement observés sur l’ensemble des plans d’eau aquitains, dus aux apports de sédiments charriés par les ruisseaux amont et à l’accumulation de matière organique provenant de la végétation aquatique et rivulaire. Cette perte de superficie est aussi le fait de l'avancée sur les eaux de formations végétales dites de "marais flottants", avancée relativement lente mais bien perceptible.
La profondeur moyenne est de 0,7 m avec des profondeurs maximales de 2,3 mètres. Cette profondeur est inférieure à 1m sur 36% de la surface.
Le volume moyen est de 2,6.106 m3. Le taux de renouvellement annuel très élevé (63,1) est résultant de la faible profondeur du plan d’eau et du débouché direct sur l’océan.
Seule la partie ouest du plan d’eau (au sens strict) est incluse dans la réserve naturelle, soit une superficie d’environ 124 ha d’eau libre.
L'étang présente les caractéristiques d’un écosystème lacustre, milieu aquatique d’eau stagnante dont l'intérêt réel ou potentiel est lié aux plantes aquatiques enracinées ou flottantes (environ 20 ha d’herbiers), au peuplement piscicole et à l’avifaune (haltes migratoires et hivernage).
La diversité des habitats naturels est faible : plus de 80 % d’eau libre, moins de 20 % d’herbiers flottants à châtaignes d’eau ou à nénuphars jaunes (mélangés à des potamots, cératophylles et myriophylles) et, pour plus de 3,5 km de rives, moins de 15 % du linéaire correspondant à des rives sableuses, le reste étant constitué par les bordures des marais flottants.
