Le site du courant d’huchet est l’un des sites majeurs pour le vison d’Europe à l’échelle nationale. Les campagnes de piégeage de cette espèce réalisées depuis 2000, s’accompagnant d’un marquage des individus capturés ont permis de recenser 19 visons différents, ce qui représente un effectif élevé pour cette espèce menacée, dont les populations présentent désormais des niveaux d’abondance très limités (en plus d'une très forte régression de la répartition géographique).
La réserve abrite également la Loutre d’Europe, la Genette commune, le Campagnol amphibie et divers chiroptères.
