Un premier inventaire réalisé en 2009 par Patrick Laurent de la Société Mycologique Landaise, a permis de dénombrer 264 espèces.
Nous y trouvons des espèces hygrophiles propres aux aulnes et aux saules le long du courant et dans les marais, d’autres espèces sont elles inféodées aux sphaignes des milieux tourbeux. Un long cortège fongique apparaît sur le cordon dunaire de la réserve, abritant des espèces sabulicoles, halophiles, ammophiles, xérophiles… La dune boisée à pins maritimes et à chênes lièges abrite quant à elles de nombreux agaricales mycorhiziens, avec ça et là, les saprotrophes en action. Certaines espèces méditerranéennes se sont même installées dans la réserve, comme au bord de l’étang de Léon. C’est le cas de Xerocomus mediterraneensis lié au pin.
Un suivi à long terme permettrait de pouvoir établir une liste d’espèces déterminantes et la prise en compte des champignons rares ou menacés, dans la gestion des différents habitats, notamment des habitats forestiers où ils constituent un bon indicateur de l’état de santé de l’écosystème.
