Pour les conserver dans un état favorable à la préservation des espèces et des paysages, il est nécessaire d'assurer une gestion adaptée. Des actions d’entretien ou de restauration prudentes sont donc mises en œuvre par le Syndicat et ses partenaires.
Des opérations importantes de rajeunissement et de réhumidification des marais du cout de Mountagne et du marais de la Pipe ayant été entreprises dans le passé, il s’agît désormais de maintenir des milieux herbacés par fauche ou pâture extensive pour favoriser leur diversité floristique et préserver les capacités d’accueil des oiseaux d’eau. Ces interventions sont menées conjointement avec la Fédération de chasse départementale.
Le contrôle des espèces exotiques, est un des objectifs impératifs pour un gestionnaire d’espaces protégés. Ces espèces sont en effet des compétiteurs efficaces vis-à-vis des espèces autochtones et provoquent des déséquilibres importants dans le fonctionnement des écosystèmes. Leur présence aboutit fréquemment à un appauvrissement des milieux et à une baisse de l’intérêt patrimonial. Des opérations d’arrachage mécanique et manuel des plantes envahissantes (Jussie, Myriophylle, Lagarosiphon, Baccharis) sont menées annuellement pour maintenir une situation acceptable. Des campagnes de piégeage ou des tirs de régulation du Ragondin, du Rat musqué et de la Tortue de floride sont également réalisés par les agents de la réserve pour empêcher la progression de ces animaux.
La gestion des niveaux d’eau et des débits est un paramètre essentiel à maîtriser pour assurer le bon fonctionnement de la réserve. Elle joue un rôle primordial dans l’évolution des zones marécageuses et dans la richesse du peuplement faunistique du courant d’Huchet. La gestion du barrage de la nasse est confiée au Syndicat depuis le 1er janvier 2007. Des objectifs plus strictement écologiques tels que le maintien en eau de telle ou telle zone de marais, l'influence des manipulations du barrage sur les phénomènes érosifs des berges, sont désormais pris en compte dans la gestion de l’ouvrage au même titre que les autres usages (chasse, pêche, activités nautiques). Le personnel de la réserve assure quotidiennement la lecture des mires et la manipulation des madriers du barrage en application du règlement de l’eau.
L’activité des bateliers qui est liée à la possibilité de circuler sans gêne sur le cours d’eau nécessite un entretien des berges. Chaque année, un dégagement des encombres (élagage des branches et coupe des arbres tombés dans le courant) est pratiqué par les bateliers et les agents du Syndicat.
De très nombreux déchets non dégradables sont apportés à marée montante et se déposent en majorité sur un secteur de la rive gauche du courant d’Huchet, au niveau du coude aval situé à Deléon. Ces macro-déchets sont collectés et évacués mécaniquement par le Syndicat. En moyenne, 100 m3 sont ramassés chaque année. Les secteurs fragiles font l’objet de nettoyages sélectifs manuels par des bénévoles lors de chantiers nature.