La gestion des habitats et des espèces implique de savoir ce que l’on doit gérer, où il faut le faire et comment. Actuellement, malgré une amélioration progressive et incontestable des connaissances, il existe encore des lacunes sur des points fondamentaux. L’objectif est, à court terme, de combler les lacunes et, à long terme, de maintenir le niveau atteint dans les connaissances afin de posséder en permanence les informations indispensables à l’élaboration du plan de gestion de la réserve naturelle du courant d’Huchet. De nombreux suivis et études ont été mis en place récemment et leur application est assuré quotidiennement par les agents de la réserve. D'autres peuvent être confiés à des partenaires de la réserve ou des prestataires extérieurs:
- suivis de l'avifaune (comptages hebdomadaires, points d'écoute, recherche des cas de reproduction de Blongios nain, Hérons pourprés, Gravelots à collier interrompu,...);
- suivis des mammifères (campagnes de piégeage du Vison d'Europe dans le cadre du plan de restauration national);
- suivis de la flore et des habitats naturels (relevés floristiques et cartographie de terrain, suivi annuel des stations ou des populations d'espèces rares et menacées);
- suivi des invertébrés dunaires (avec le concours de l'Office National des forêts);
- suivis des amphibiens et reptiles (programme d'étude de la répartition de la Cistude d'Europe, programme national POPReptile);
- suivis de l'ichtyofaune (campagne de pêches électriques et au filet avec le concours de l'Office Français de la biodiversité et de la Fédération Départementale de Pêche);
- suivis quantitatif et qualitatifs de la ressource en eau (relevés journaliers des limnimètres, piézomètres, jaugeages avec le service SAGER du Conseil Départemental, mesures et analyses physico-chimiques des eaux des ruisseaux et de l'étang de Léon);
- suivis des activités humaines (fréquentation par le public, sylviculture, chasse, pêche).
